運務處為本公司一級單位，為提供信賴可靠與卓越服務的捷運運輸，配合路線興建架構編列而成，主要為行車控制、車務、站務及票務等規劃管理及業務執行、運務相關規章制度之研(修)訂等事項。

1.運務規劃及管理組：
運務規劃及管理組為運務處二級單位。主要業務係辦理運務處稽核與查核、事故調查、裁罰作業等業務，多為統合處內各中心資料，且負責運務處各中心內部業務協調及其他處室溝通窗口。運務規劃及管理組轄下依業務性質主要分為行車規劃類及運務管理類。
2.行控中心：
行控中心為運務處二級單位。負責營運路線之狀況掌握，包括列車調度與監控，相關設備之監控，異常或緊急事件之處理，及聯繫維修人員，協調維修作業施作時機與方式。
3.票務中心：
票務中心為運務處二級單位。負責公司票證庫存配送管理、問題票處理、運量計算、營收查核、票證公司疑義帳務處理、票證公司清算清分作業、社福票證作業、票證客訴處理作業、交易資料稽核、自動收費系統軟體維護/更新、軟體功能修正與測試、系統開發、自動收費設備維修與保養工作、自動收費設備模組及板件維護保養工作、維修工法分析及改善、設備模組板件替代品尋找及開發。
4.站務中心：
站務中心為運務處二級單位。主要負責控管車站運作之各項業務。負責旅客服務之工作、站務人員訓練、緊急狀況時現場處理及規章手冊修改建議及營運相關建議。
5.車務中心：
車務中心主要業務分為正線與機廠部分，正線包含電聯車駕駛、故障診斷與排除、旅客安全狀況監控、司機員調度、以及配合行控中心及車站處理異常狀況；機廠部分包含電聯車調度及收發車、電聯車清潔、機廠管制區進場管制及防護，及機廠相關設備監控等。

維修處為本公司一級單位，主要負責車輛、機具、軌道、機電設施等之維修業務、維修技術之發展、小型新增及改善工程規劃、維修相關規章制度之研(修)訂等事項。全線設施設備、各車站與機廠之維護保養及人員作業之規劃與執行；制定與督導軌道營運之安全及緊急通報。維修處下轄維修管理暨研究發展組、車輛廠、電機廠、電子廠、軌土廠、智慧系統整合中心六個二級單位。

1.維修管理暨研究發展組：
維修管理暨研究發展組為維修處二級單位，負責各項維修目標之執行計畫擬定，以及技術會報、維修管理系統、安全品保、內部稽核、資訊管理、預算、人事管理業務、訓練、庶務及公文管理、會議執行、資訊管理業務、儀器校驗、板件維修及測試治具開發，並辦理處內各廠之業務綜整業務，及支援處內各項維修後勤業務。
2.車輛廠：
車輛廠為本公司二級單位，負責電聯車系統、機廠維修設備、軌道工程維修車輛之維護工作等相關維修作業。
3.電機廠：
電機廠為本公司二級單位，主要負責本系統供電系統、車站及車站之水電環控設備、電梯/電扶梯、月台門系統等相關設施設備之維護，並掌理電機廠相關人事、預算、物料、機具管控作業。
4.電子廠：
電子廠為本公司二級單位，主要負責本系統號誌系統、旅客資訊顯示系統、通訊系統、航班資訊顯示系統及監控系統等相關設施設備之維護，並掌理電子廠相關人事、訓練、預算、物料、機具管控作業。
5.軌土廠：
軌土廠為本公司二級單位，主要業務為負責沿線軌道系統及第三軌(不含供電)之檢修與保養，沿線土建設施維護及監控作業，操作工程車輛進行巡軌作業，並掌理軌土廠相關人事、預算、物料、機具管控作業。
6.智慧系統整合中心：
智慧系統整合中心為本公司二級單位，主要業務為負責行車核心機電系統及智慧軌道系統(軟體)的維保及監測、即時監看/處理行車核心機電系統狀況、與行控合作維修單位動員及提供故排建議，並掌理智慧系統整合中心相關人事、預算、物料、機具管控作業。

為本公司一級單位，負責勞工安全衛生及營運之規劃督導、公司品質管理、品質稽查、環境保護及環評承諾之工作執行、災害防救、系統安全與緊急應變等相關業務推動與督導等相關事項。轄下分別有系統安全組、品質環保組及勞安衛生組如下所示。

1.系統安全組
2.品質環保組
3.勞安衛生組

企劃處為本公司一級單位，負責公司經營策略之研擬、綜合規劃及績效管理、開發事業規劃與執行、捷運沿線周邊土地開發規劃、制定招商策略、資訊管理與營運資訊系統規劃發展、辦公室應用系統推動及維修管理系統維護、硬體設備管理與資訊問題排除及技術支援等相關事項。其設置綜合規劃組、績效管理組、開發事業組及資訊組，共四個二級單位如下所示。

1.綜合規劃組
2.績效管理組
3.開發事業組
4.資訊組

總務處為本公司一級單位，負責掌理庶務、文書、營繕、採購案件審查、發包管理、物料倉儲管理。轄下分別有行政事務組、採購發包組、物料倉儲組三組。

1行政事務組
2採購發包組
3物料倉儲組

人力資源處為本公司一級單位，負責規劃公司組織發展、人事管理及制度研(修)訂、員工職涯發展規劃及訓練、員工關懷、勞資關係等事項，轄下分別有人力發展組、人事管理組，共兩個二級單位。

1.人力發展組
2.人事管理組

財務處為本公司一級單位，負責公司財務規劃、現金收支、有價證券及保管品之管理、資金運用、財產管理、捷運系統重置經費規劃、保險規劃、股票發行及管理、其他財務業務相關事項。轄下分別有財務管理組、財產管理組。

1.財務管理組
2.財產管理組

會計室為本公司一級單位。為本公司一級單位。負責預(決)算編制與執行控管、會計帳務處理、內部審核之執行、成本管理及成本分析、營業稅及營利事業所得稅編制及申報、會計相關制度之研(修)訂、其他會計及統計相關事項，轄下有兩個二級單位。

1.預算組
2.帳務成本組

法務室主要業務為契約、本公司規章與法律文件之會核、訴訟事件非訟事件協辦、辦理法律專業知識之課程、協助處理智慧財產法保護及授權使用相關事宜、個人資料保護法之引進及諮詢。

公共事務室為本公司二級單位，負責掌理中央及地方各級府會及媒體連繫、對外關係維繫、行銷策略擬定、客服中心營運等。

稽核室為本公司一級單位，其組織隸屬於董事會，進行定期與不定期之業務稽核、財務稽核等工作，以確實評估內部控制制度遵行之健全性、合理性及有效性。