處長:
綜理處內相關公共事務並指揮監督所屬單位動物防疫、動物保護及行政人員。

秘書:
襄助處長各項動物防疫及動物保護處內相關公共事務。

技正:
襄助處長各項動物防疫及動物保護處內相關公共事務。

動物防疫課:
1.豬隻傳染病防治輔導。
2.衛生教育保健及疫情調查處置。
3.動物用藥品管理。
4.化製原料運輸車管理。
5.獸醫師(佐)及獸醫診療機構管理。

動物檢診課:
1.水產及畜禽動物疾病姓鑑定及疫情調查處置。
2.畜禽動物用藥品殘留檢驗。
3.獸醫技術研究與其他有關事項。
4.文書、檔案、事務、出納、採購、研考、財產管理。

動物衛生課:
1.草食及禽類疾病防治輔導。
2.衛生教育保健及疫情調查處置。
3.輸出(入)檢疫物之產地(追蹤)檢疫。
4.野生動物救傷診療等事項。

動物保護課:
1.動物保護業務管理。
2.犬貓狂犬病防疫及進口追蹤檢疫。
3.實驗動物業務管理。
4.犬貓絕育業務管理。
5.特定寵物(犬)業之業務管理。
6.寵物(犬)登記業務管理等事項。

動物管制課:
1.流浪犬貓管制。
2.急難救助及收容處置。
3.犬貓屍體焚化服務。
4.公立動物收容所管理。

動物保護教育園區管理課:
1.職掌動物保護教育園區之犬貓收容、認領、認養、絕育、救傷醫療管理。
2.生命教育推廣等事項。

人事室:
辦理本處人事管理業務。

會計室:
辦理本處歲計、會計、預算籌編決算及主計相關業務。

收發室:
辦理本處文書收發管理、檔案管理、印信等相關業務。